Poza opisywaną powyżej nadpotliwością kompensacyjną, zabiegi sympatektomii mogą wiązać się także z szeregiem powikłań i problemów, których w trakcie zabiegu staramy się uniknąć. Problemy te można podzielić na dwie grupy.

     Do pierwszej grupy, należą powikłania chirurgiczne, które mogą towarzyszyć każdej operacji – krwawienie w obrębie klatki piersiowej, odma opłucnowa i odma podskórna. Ponieważ zabieg przebiega we wnętrzu klatki piersiowej, w bezpośrednim sąsiedztwie aorty i dużych naczyń żylnych, możliwe jest powikłanie pod postacią nagłego krwawienia, które może stanowić zagrożenie dla życia pacjenta. W tej sytuacji podejmuje się decyzje o natychmiastowym otwarciu klatki piersiowej i ratowaniu życia chorego. Tym samym korzystny efekt kosmetyczny jest bezpowrotnie stracony, a ponadto dużej ranie klatki piersiowej towarzyszą znaczne dolegliwości bólowe.

     Jeśli w jamie opłucnowej pozostanie dwutlenek węgla, lub w wyniku uszkodzenia płuca dojdzie do przecieku powietrza, wówczas mamy do czynienia z odmą opłucnową (foto po prawej). Leczy się ją drenażem jamy opłucnowej – najczęściej drenaż taki utrzymywany jest przez 12 godzin, a następnie usuwany. Procedura ta z reguły nie przedłuża czasu hospitalizacji.

     Inna forma odmy to odma podskórna. Powstaje ona wtedy, gdy pewna ilość dwutlenku węgla dostanie się do tkanki podskórnej. Pacjent wygląda wówczas jak bardziej obrzęknięty, a miejscowo odczuwalny jest pod palcami balonik gazu. Odma ta nie jest niebezpieczna i z reguły ustępuje samoistnie po 7 do 14 dniach. Do drugiej grupy powikłań należą te, które są związane konkretnie z zabiegiem sympatektomii. Pierwszym ważnym problemem jest nadpotliwość kompensacyjna, która nierzadko pojawia się po operacji. Zjawisko to związane jest z fizjologiczna rolą pocenia się jako regulacji cieplnej.

Innym problemem, jaki może pojawić się w wyniku operacji jest triada Hornera (zdj. po lewej) Powstaje ona z powodu uszkodzenia poprzez klips lub energię elektryczną użytą w trakcie operacji splotu gwiaździstego, położonego na granicy zwojów współczulnych szyjnych i piersiowych. W razie wystąpienia tego powikłania, już w dniu zabiegu lub w następnej dobie możliwe jest usunięcie klipsu po stronie uszkodzenia. Zmiana powinna cofnąć się po 1 do 5 miesiącach.

     Neuralgia współczulna jest to zespół bólowy, polegający na bólu palącym lub piekącym, który wstępuje w sytuacji, kiedy ulegałby pobudzeniu pień współczulny, a więc w czasie stresu, wysiłku fizycznego oraz gdy na dworze jest gorąco. Zespół ten niekiedy towarzyszy symaptektomii lędźwiowej, a bardzo rzadko sympatektomii piersiowej, lecz wydaje się, że zastosowanie metody kliprowania daje szanse na jego zmniejszenie. Gdyby jednak wystąpił, w pierwszym rzędzie stosowane są leki przeciwbólowe, a jeśli one nie pomagają to możliwe jest usunięcie klisów w czasie do 3 miesięcy po operacji. Lokalizacja bólu w zespole neuralgii współczulnej po sympatektomii lędziowej to zazwyczaj okolice pośladków, bioder i ud.
     Dolegliwości bólowe powłok, szczególnie w zakresie klatki piersiowej mogą utrzymywać się nawet do 3 miesięcy po operacji. W takich wypadkach należy pzryjmowa leki przeciwbólowe dostępne bez recepty. Do innych, nietypowych reakcji pooperacyjnych można zaliczyć: nadwrażliwość sutków (ustępuje po 4-8 tygodniach) czy jednorazowe, epizodyczne wystąpienie nadpotliwości dłoni rano około 4-5 doby pooperacyjnej.